Fonte: Canaltech
Pesquisadores do Centre for Crop and Disease Management (Centro de Colheita e Gerenciamento de Doenças, em tradução livre), na Austrália, estão usando big data para estudar a evolução do genoma de fungos a fim de aprimorar técnicas de proteção a plantações. A pesquisa, liderada pelo Doutor James Hane, busca relações de evolução atípica entre genes em diferentes espécies de grãos para identificar genes que causam doenças nas lavouras. "A grande maioria de genes é herdada verticalmente, ou seja, passada dos pais para os filhos da maneira normal", explica Hane.
"No entanto, muito raramente, e especialmente em micróbios, os genes podem "pular" estágios evolucionários, o que é definido como transferência lateral de genes", complementa.
O estudo está comparando milhares de genomas via análise evolucionária em larga escala para identificar onde os genes se transferiram lateralmente ou "pularam" entre espécies". Eles podem trazer em si pistas para outros genes que permitem que as patogenias sobrevivam, evoluam e causem doenças. Supercomputadores do intituto Pawsey Supercomputing Centre, na Austrália, estão sendo utilizados para comparar milhares de genomas e procurar por padrões evolucionários incomuns, cujos genes são compartilhados exclusivamente entre duas espécies com relações distantes. Com o supercomputador Magnus, o Dr. Hane atualmente realiza buscas em um banco de dados com mais de 3.500 espécies, incluindo fungos, bactérias, insetos, plantas e algas.
O processo é intenso, segundo James Hane. "Todos os genes de cada espécie precisa ser comparado com todos os genes de todas as outras espécies, que têm entre 10 e 20 mil genes cada, resultando em mais de 12 milhões de comparações. O sequenciamento de genes vem acontecendo há um tempo, com significativa melhora. "Dez anos atrás, tínhamos apenas o genoma de algumas espécies de fungos. Atualmente, temos centenas à disposição.
Passamos de um único genoma de referência de uma única espécie para centenas de genomas da mesma espécie", diz Hane. O resultado da pesquisa combinado com outros estudos do CCDM será repassado para empresas de reprodução de espécies a fim de aumentar o número de lavouras resistentes a doenças. Fonte Phys.org
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http://canaltech.com.br/noticia/banco-de-dados/pesquisadores-utilizam-big-data-para-combater-doencas-em-plantacoes-64849/
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